Filippo Allegri durchlief die Nachwuchsabteilung des HC Lugano. Als Elite A-Junior spielte er neben den Bianconeri auch für den Kantonsrivalen HC Ambri Piotta. In der letzten Saison kam der 20-jährige zu Einsätzen bei Erstligist GDT Bellinzona.
In der laufenden Saison spielte Filippo Allegri für EHC Arosas Ligakonkurrenten Red Lions Reinach. Der Flügelstürmer wechselt per sofort zum EHC Arosa. Der in Italien geborene Allegri hat die Schweizer Spielerlizenz.